La invención del microscopio fue determinante en el conocimento de la existencia de los microorganismos. La primera persona en describirlos en detalle fue el holandés Anton von Leeuwenhoekcon 1684.Se empezó a especular sobre el origen de estos organismos microscópicos. Había quienes afirmaban que se generaban de manera espontánea de la materia no viva. Fue Louis Pasteur, quien desmintió la teoría de la generación espontánea en 1864.
Con el conocimiento de que los microorganismos causaban enfermedades, los científicos se dedicaron a investigar cómo prevenirlos y contraatatacarlos. Sin embargo, aunque se desconocía su acción ello no impidió que se utilizaran sustancias y tratamientos. Las vacunas fueron descubiertas, antes de los estudios de Pasteur y Koch, por Edward Jenner en 1771, a partir de unos experimentos que realizaba con gérmenes de la viruela que atacaba a la vaca, pero que hacía inmunes a esta enfermedad a los trabajadores de las granjas.
Los nuevos conocimientos revolucionaron la medicina, Joseph Lister, a partir de los estudios de Pasteur estableció medidas higiénicas en las salas de los hospitales, que salvan la vida de miles de personas. Un momento importante ocurre en 1928, cuando Alexander Fleming descubre accidentalmente la penicilina, en el curso de sus investigaciones sobre la gripe; hoy es una sustancia ampliamente utilizada en el tratamiento de las enfermedades infecciosas.
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